Родился 2 ноября 1994 года в Намангане (Узбекистан). Боксом начал заниматься с десяти лет, и в 2007 году поступил в школу олимпийского резерва в Ташкенте. В 2012 году он стал победителем международного юниорского турнира памяти Н. Павлюкова в весе до 49 кг; в 2013 году в весовой категории до 52 кг Ахмадалиев победил на Кубке губернатора Санкт-Петербурга, и в конце того же года он стал чемпионом Узбекистана в весе до 56 кг.
В следующем году Ахмадалиев стал победителем Мемориала Сиднея Джексона и вновь чемпионом Узбекистана в весе до 56 кг. В 2015 году после победы на Кубке Странджа Муроджон дважды становится вторым на крупнейших мировых первенствах: сначала на чемпионате Азии, а затем на чемпионате мира. Это приносит ему путевку на Олимпийские Игры в Рио-де-Жанейро, где он становится бронзовым призером в весе до 56 кг, проиграв в полуфинале будущему победителю Олимпиады.
После победы на чемпионате Азии в 2017 году в весовой категории до 56 кг Муроджон Ахмадалиев решает перейти в профессиональный бокс, и, уехав для этого в США, подписывает контракт с промоутерской компанией «Мир Бокса». Он начинает тренироваться в Калифорнии под руководством известного тренера Джоэла Диаса.
Молодой боксер дебютировал на профессиональном ринге в марте 2018 года, и уже августе того года всего в четвертом профессиональном бою Муроджон Ахмадалиев завоевал вакантный титул WBA Inter-Continental в первом полулегком весе и поднялся на шестое место в рейтинге WBA. В ноябре 2018 Ахмадалиев победил опытного Айзека Зарате, защитив свой пояс, и поднялся на первое место рейтинга WBA.
В мае 2019 года WBA назначила бой между обязательным претендентом Муроджоном Ахмадалиевым и чемпионом Дэниэлом Романом, который был запланирован на сентябрь прошлого года, но чемпион получил травму, и бой был перенесен на 30 января этого года.
В случае победы молодой узбекский боксер может повторить рекорд американца Леона Спинкса, который в 1978 году в восьмом бою на профессиональном ринге завоевал сразу два титула чемпиона мира в супертяжелом весе. А для своей родины, где очень любят бокс, Ахмадалиев станет первым боксером-профессионалом, ставшим чемпионом мира по нескольким версиям.
«Это исторический момент, — сказал Ахмадалиев. — Стать чемпионом мира по двум версиям всего в восьмом бою и первым чемпионом по двум версиям из Узбекистана — это большое историческое достижение. Я хочу прославить свою страну. Бокс — это спорт номер один в Узбекистане, и с божьей помощью я думаю, все пройдет хорошо».
25-летний боксер «Мира Бокса Муроджон Ахмадалиев (8-0, 6 КО) 30 января в Майами, США в своем восьмом поединке на профессиональном ринге завоевал два титула чемпиона мира в первом полулегком весе по версиям WBA и IBF. В непростом двенадцатираундовом поединке он победил действующего чемпиона, американца Дэниэла Романа (27-3-1, 10 КО) раздельным решением судей со счетом 115-113, 115-113 и 113-115.
Благодаря этой победе молодой узбекский боксер, бронзовый призер Олимпиады-2016 повторил достижение американца Леона Спинкса, который тоже в своем восьмом бою завоевал два чемпионских пояса, и стал первым в истории Узбекистана обладателем звания чемпиона мира сразу по двум версиям.
Чемпион WBA и IBF в первом полулегком весе Муроджон Ахмадалиев защитил свои титулы в поединке против обязательного претендента по версии IBF Рёсуке Ивасы 3 апреля в Ташкенте. Чемпион, который проводил первую защиту своих титулов и первый профессиональный поединок на родине, владел преимуществом и в пятом раунде провел несколько очень успешных атак, которые потрясли соперника, и рефери остановил поединок, зафиксировав победу Ахмадалиева техническим нокаутом в пятом раунде.
19 ноября в США победил единогласным решением судей Хосе Веласкеса из Чили, который заменил обязательного претендента на титул WBA Ронни Риоса, заболевшего коронавирусом.
После 10 боев на профессиональном ринге талантливый узбекский боксер занимает второе место в рейтингах сильнейших боксеров своего веса по версиям портала ESPN и журнала The Ring.
Чемпион мира в первом полулегком весе по версиям WBA и IBF Муроджон Ахмадалиев (11-0, 8 КО) победил техническим нокаутом в заключительном двенадцатом раунде обязательного претендента на титул WBA американца Ронни Риоса (33-4, 16 КО) 25 июня в Сан-Антонио.
16 декабря 2023 года, экс-чемпион мира провел отборочный поединок по версии WBA против мексиканца Кевина Гонсалеса (26-0-1, 13 КО) и одержал уверенную победу техническим нокаутом в восьмом раунде, лидируя на момент остановки боя на карточках судей со счетом 68-63 и 69-62 дважды.
Несмотря на потерю титулов, Муроджон Ахмадалиев (#1 WBA, #3 IBF, #4 WBC, #6 WBO) занимает третье место в рейтинге сильнейших боксеров своего дивизиона по версии журнала The Ring и пятое место в аналогичном рейтинге портала ESPN.
Позиция обязательного претендента на титул WBA дает Ахмадалиеву право на бой против абсолютного чемпиона мира в первом полулегком весе Наоя Иноуэ, и узбекский боксер уже заявил о готовности встретиться с одним из сильнейших боксеров мира независимо от весовой категории.